Для моделирование липидных бислоев нами разработан toolchain: от создания бислоя до анализа траекторий.
<ol>
	<li><strong>Дополнительные типы атомов к силовому полю.</strong>
Мы используем силовое поле OPLS-AA с некоторыми модификациями. Модификации накладываются как патч к силовому полю GROMACS. Если Вы используете другой пакет, мы можем помочь Вам перевести в нужный формат. Патч для GMX Вы можете скачать здесь: <a href="http://erg.biophys.msu.ru/erg/wordpress/wp-content/uploads/2011/04/lipid-patch-opls.zip">lipid-patch-opls</a>. Скопируйте его в папку /usr/share/gromacs/top (для gmx 4.0.*) или же в папку /usr/share/gromacs/top/oplsaa.ff/ (для gmx &gt;4.5).</li>
	<li><strong>Топологии липидов.
</strong>Сейчас у нас изготовлены топологии для DPPC(), DPPS, SDS, DMPS и некоторые другие. Топология с помощью нашего софта готовится быстро, поэтому, если Вам нужна какая-то особая, пишите - поможем.</li>
	<li><strong>Готовые бислои для расчета.</strong></li>
</ol>