Для изготовления нанотрубки и визуализации НМ вам понадобятся PyMOL и два
скрипта для него:
Генератор НТ: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py
Визуализатор нормальных мод: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/nmgen.py

Скрипты нужно скачать и запустить из PyMOL. Например:
$ wget http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py
$ pymol
PyMOL> run ./ntgen.py

На наших машинах PyMOL и соответствующие скрипты у студентов установлены.


Создание нанотрубки:
PyMOL> ntgen nanotube, N, M, L, save=nanotube

nanotube66 - имя нового объекта (нанотрубки) который будет создан
N, M - целые числа задающие взаимную ориентацию оси нанотрубки и
кристаллографических осей графена. Создайте трубки 6,0; 6,6 и скажем 6,3.
L - целое число, задающее длину НТ. Должно быть кратно N, чтобы край НТ
был ровный.
save=nanotube - опциональный параметр, приводит к созданию файлов
nanotube.gro и nanotubе.itp, годных для использования с пакетом GROMACS.


Визуализация нормальных мод:

Загрузите структуру с нанотрубкой (сделайте ее из gro при помощи editconf):
PyMOL> load nanotube.pdb, nanotube

Сгенерируйте нормальное колебание:
PyMOL> nmgen  nanotube, ID, mtx=nanotube.mtx, amp=5.0

nanotube - имя объекта
ID - номер нормального колебания (при первом запуске можно )
nanotube.mtx - имя MTX файла с матрицей Гесса. Должен быть Double Precision.
amp=5.0 - задает амплитуду соответствующего колебания (5 ангстрем).

В результате будет создан объект nanotube-nm_ID, один период
соответствующего колебания и 20 фреймов. Чтобы запустить анимацию:
PyMOL> set movie_loop, 1
PyMOL> set movie_fps, 15
PyMOL> mplay

Остановить анимацию:
PyMOL> mstop
